Após o Inspetor Zenigata ser transferido do caso Lupin e ficar desanimado, o mestre ladrão Lupin Terceiro decide ajudá-lo a recuperar seu antigo emprego, unindo-se ao velho para destruir a Shot Shell, uma empresa internacional de contrabando de armas. Junto com os parceiros de longa data de Lupin, eles roubam um submarino nuclear russo e contam com a ajuda de uma física nuclear chamada Karen, que mantém um olhar desconfiado para Jigen, parceiro de Lupin. Como se não bastasse, o sucessor de Zenigata na Interpol é um assassino que busca eliminar a gangue Lupin um por um.