Muitos engenheiros do mundo todo se reúnem na instalação marítima da Interpol "Pacific Buoy", em Hachijo-jima, no mar ao sul da costa central da Prefeitura de Tóquio, para testemunhar o lançamento de um novo sistema que conecta todos os sistemas de câmeras policiais do mundo e permite o reconhecimento facial em todo o mundo. Conan, junto com seus amigos Kogoro, Ran, Agasa, Haibara e os Detective Boys, também viaja para a ilha com um convite de Sonoko para ver as baleias. Ele recebe uma mensagem de Subaru, que diz que um agente da Europol foi assassinado na Alemanha por Gin. Perturbado, Conan entra sorrateiramente no navio policial liderado por Kuroda, que os está trazendo à ilha para proteger as obras de conclusão, e visita as novas instalações, bem a tempo de a Organização Negra sequestrar uma engenheira, em busca de dados importantes em seu pendrive. Um uivo assustador de parafusos é ouvido do oceano quando uma pessoa desconhecida se aproxima de Haibara.