O Sargento Keroro e seus quatro subordinados vieram do planeta Keron para a Terra com o objetivo de conquistá-la. No entanto, sem que percebessem, eles começaram a desfrutar da vida no planeta.Keroro deveria ter se alojado com Hinata para conseguir a chance de conquistar a Terra, mas ele acabou fazendo amizade com o filho dela, Fuyuki.Hoje, como de costume, Keroro vai com Fuyuki comprar seu modelo plástico favorito de Gundam. No caminho de casa, eles encontram um pequeno santuário e resolvem entrar. Lá dentro, eles encontram um vaso e acidentalmente o quebram.A partir do dia seguinte, coisas estranhas começam a acontecer por toda a cidade e a população entra em pânico. Dentro do vaso estava selado Kiruru, a arma suprema ancestral de Keron.Neste momento, surge Mirara, que guarda o segredo de Kiruru e os informa sobre o único método para salvar a Terra.No entanto...