Um acidente durante testes de um escudo magnético artificial antiplasma no campo de treinamento da Força de Autodefesa Terrestre do Japão em East Fuji envia a 3ª Companhia Experimental Especial, sob o comando do Coronel Matoba, em uma viagem temporal de 460 anos, rumo à "Era da Guerra Civil". Ao mesmo tempo, uma anomalia numérica imaginária, supostamente causada por interferência do passado, começa a corroer o presente.