No ano de 1999, o astrônomo Professor Amamori descobriu um décimo planeta dentro do sistema solar. Infelizmente, ele também descobre que ele está prestes a colidir com a Terra em 9 de setembro de 1999, às 9h09min09s. O Professor Amamori faz preparativos para salvar o planeta, auxiliado em sua campanha por seu sobrinho Hajime e sua secretária Yukino Yayoi. Desconhecido por todos, Yayoi abriga segredos profundos: LaMetal cruza caminhos com a Terra (e causa caos) a cada milênio, é o lar de uma civilização avançada que escraviza qualquer sobrevivente humano do cataclismo, e ela mesma é a Rainha Milenar, uma cidadã especial de LaMetal que vem à Terra a cada 1000 anos para se preparar para essa passagem. No entanto, ela também espera salvar a Terra, pois embora seja de LaMetal, ela não pode ficar de lado e deixar seu mundo natal destruir o planeta e seus nativos que ela aprendeu a amar. E então ela começa uma luta desesperada.