Quinze anos atrás, em um trecho árido do Pacífico, um navio de cruzeiro colidiu com um iceberg e se perdeu no mar. Mais de uma década depois, Hideto Yashiro, um engenheiro naval, morreu em um acidente de carro fatal. A improvável conexão entre esses eventos só vem à tona no luxuoso transatlântico St. Aphrodite, durante sua viagem inaugural. A bordo, em férias muito merecidas, Kogorou Mouri, sua filha Ran, Conan Edogawa e os Detetives Boys aproveitam uma viagem oferecida pela família de Sonoko Suzuki. Mas a diversão logo acaba quando uma brincadeira de esconde-esconde leva ao desaparecimento de Sonoko.