Outro Kiruru aparece no Pacífico Sul, mas foi derrotado por duas entidades desconhecidas que se parecem com Keronianos, com diferenças sutis. Enquanto isso, Keroro e sua turma embarcam em uma viagem patrocinada por Momoka para uma ilha particular. Lá, um alienígena chamado Meru, que se autodenomina o príncipe das profundezas do mar, os captura e pretende fazer de Natsumi sua princesa, e que eles capturaram Keroro, que implora a eles que ajudem o Pelotão Keroro, apenas para ser expulso.