Após os eventos da série de TV, Yoko Godai, de 18 anos, abandonou seu nome de agente especial Saki Asamiya para retornar à sua vida normal e agora está estudando para o vestibular. No entanto, ela acidentalmente esbarra em um jovem chamado Kazuo Hagiwara, que tentava escapar de um grupo de assassinos, e descobre que ele vem da Academia Sanko, uma escola particular localizada em uma ilha remota conhecida como Castelo do Inferno. A escola é comandada por um ex-revolucionário, considerado morto, chamado Hattori, que tenta fazer lavagem cerebral em alunos para que se tornem terroristas e o ajudem a organizar um golpe de estado fascista no Japão.