O Capitão Harlock se tornou prisioneiro após o planeta Terra ser totalmente destruído pelo invasor espacial "Illmidus" e é levado para o Quartel-General da Força de Ocupação da Terra, onde o Comandante Zeda ordena sua deportação por ser um personagem perigoso e indesejável. Harlock é então preso com um misterioso japonês chamado Tochiro após uma briga com alguns oficiais militares Illmidus, e tanto Harlock quanto Tochiro são encontrados portando documentos da família Harlock.