Seres gigantes misteriosos chamados "Ryū no Shippo" (Caudas de Dragão) apareceram pelo mundo. Devido ao perigo que isso poderia representar, o Pelotão Keroro realizou uma pesquisa mundial sobre as Caudas de Dragão, mas Tamama desapareceu repentinamente durante a pesquisa. Por conta disso, todo o pelotão iniciou sua busca por Tamama e acabou no Monte Saint-Michel, na França, onde conheceu uma garota misteriosa chamada Sion, que detém o misterioso Ryū no Hon (Livro do Dragão). Mas pouco sabem sobre os segredos dela e a calamidade global que destruiria o mundo inteiro, como eles o conhecem...