O filme começa com Fuyuki Hinata e o Pelotão Keroro explorando um templo abandonado na cidade de Machu Picchu, no topo de uma montanha, no Peru. Durante a exploração, Keroro acidentalmente aciona uma armadilha e, por acaso, eles encontram uma câmara escondida com um grande cristal azul no centro, sobre um suporte com uma chave. Keroro se apoia na chave, fazendo com que a sala ative uma máquina misteriosa, o que faz todo o templo tremer. Assim que o grupo percebe o que está acontecendo, eles correm para fora da sala. Enquanto correm, Keroro acidentalmente perde sua Bola Kero, enquanto Fuyuki vislumbra uma jovem brilhante enquanto corre para fora, e diz a Keroro que havia uma garota na sala, mas ele é forçado a sair antes que possa dizer qualquer outra coisa. O grupo escapa com sucesso, enquanto a garota (agora com um par de asas brilhantes) os observa partir — enquanto de volta à câmara, algo cresce dentro do cristal...