Liderando uma expedição na Alemanha, Kougami abre o selo do túmulo de um dos alquimistas que criou as Medalhas do Núcleo, na tentativa de recuperar um conjunto de Medalhas perdidas. No entanto, após o selo ser desfeito, milhões de Medalhas da Célula irrompem em uma torre, criando uma barreira mágica que faz partes do Japão virarem de cabeça para baixo. Enquanto a alquimista revela seus planos de se tornar uma nova OOO, Eiji e seus amigos são lançados no passado e precisam encontrar o caminho de volta para casa e deter a alquimista antes que ela destrua o mundo!