Maebara Keiichi, um jovem adolescente, mudou-se recentemente da cidade para a vila rural de Hinamizawa com a família. Ele está se adaptando muito bem à nova vida, fazendo amigos na pequena escola, brincando e passando o tempo em relativa felicidade, quando de repente um assassinato macabro acontece. Um mistério começa a se desvendar — remontando a acontecimentos de cinco anos atrás. À medida que Keiichi descobre mais sobre esses estranhos eventos, ele se pergunta se será capaz de encarar a verdade por trás de tudo isso.