A um ano atrás, depois de ter destruído a Chronos Corporation, Sean Barker vive em simbiose com a bio-armadura alienígena conhecida como Guyver. Ele se tornou um justiceiro, combatendo crimes de forma bastante violenta incitado pela unidade alienígena. Sean ao dormir, sempre tem pesadelos, sonha com coisas que nunca viu e fica intrigado com isso. Numa manhã, ao ligar a TV ele começa a assistir um programa sensacionalista, que mostra imagens de uma caverna que se encontra em um sítio arqueológico, e nelas estão gravadas imagens idênticas a algumas coisas que aparecem em seus pesadelos. Sean então parte com destino ao sítio arqueológico, tentando descobrir a origem da unidade Guyver e entender o por que da unidade Guyver fazê-lo lutar incessantemente contra o mal.