A busca por documentação sobre o mar para um trabalho escolar fará com que a porta mágica de Doraemon se abra e leve Nobita até Shizuka, Gian e Sueno nas profundezas do oceano. Desta vez, nossos amigos embarcam em um barco enorme e único para aprender sobre os mistérios do mar e procurar tesouros. O que ninguém imagina é que uma distorção na linha do espaço-tempo os levará ao século XVII em meio a uma grande tempestade que os fará naufragar e onde Doraemon perderá seu bolso mágico. Sem tempo a perder, nossos amigos precisam encontrar uma saída. Será que eles conseguirão?