A Corporação Persona Century adquiriu quase todas as terras do planeta. Dissensões não são toleradas dentro das fronteiras da corporação e aqueles que se opõem a Persona são tratados rapidamente. Um dos poucos lugares que ainda não estão sob o controle de Persona é a cidade livre de Kabuki-cho, também conhecida como "O Lado Sombrio de Tóquio". Dentro da cidade, sob a liderança de uma mulher chamada Mai, existe um pequeno grupo de resistência chamado Messiah. A este mundo surge um homem que adota o apelido de Kabuki-cho: Darkside. Selado em outra dimensão há dezoito anos por Persona Century, Darkside agora retorna para ajudar Messiah usando seu poder místico único de renovação.