Aruto desperta em uma realidade totalmente diferente, onde os eventos de Aurora foram totalmente diferentes do que ele se recorda, e onde os HumaGears dominaram a maior parte da Terra, caçando os humanos remanescentes para exterminá-los, assim com deseja a Arca. Nesse meio tempo, Sougo, Geiz e Tsukuyomi se encontram recuperando suas memórias dos eventos de Zi-O, e percebe que essa alteração provavelmente tem a ver com uma modificação na linha temporal. Cabe aos dois heróis unirem forças para fazer a linha temporal ser restaurada e impedir que as forças malignas reinem neste universo.