Papai Warbucks precisa fazer uma longa viagem, deixando Annie sozinha. Enquanto vagava pela rua, Sandy leva Annie até Mickey, que está chorando. A avó de Mickey morreu recentemente, e ele está prestes a ser levado pela Sra. Berger para o orfanato. Ele escolhe ir com Annie para o barraco onde ela e Papai Warbucks moram. Ela o alimenta com sobras de pés de porco, creme de leite e comida variada, mas na manhã seguinte ele está com dor de estômago. Annie o leva para um orfanato onde ele será cuidado, mas ela mesma é levada sob custódia. Enquanto está no orfanato, Annie cuida de Mickey. Um dia, a Sra. Stewart (uma rica viúva) aparece, querendo adotar. As crianças desfilam diante dela. Ouvindo sobre sua natureza contrária, Annie faz questão de que Mickey chame sua atenção dizendo coisas ruins sobre ele, e no final da entrevista, a Sra. Stewart o adota. No orfanato, Annie sente falta de Mickey e, embora tenha escrito quatro cartas, Mickey não respondeu (porque não sabe escrever). Enquanto isso, na casa da Sra. Stewart, Mickey está feliz, mas parece estar bravo com Annie por ela ter falado mal dele durante o processo de adoção. Annie decide visitar Mickey e aparece na janela dele logo depois que ele foi colocado para dormir, já que a Sra. Stewart está dando um jantar. Annie tenta se reconciliar com Mickey, que a traz para dentro de casa. Eles passam pela cozinha, onde Annie come um molho de queijo e Sandy foge com o prato principal, um rosbife. Os convidados do jantar contam sobre seus encontros com aparições sobrenaturais, embora a Sra. Stewart não acredite em nada disso. Enquanto isso, Mickey e Annie se encontram no quarto da Sra. Stewart, onde Sandy faz truques para Mickey, e Annie imita Harpo Marx, Chico Marx, Groucho Marx (do filme Horse Feathers (1932)) e Sra. Stewart. O jantar termina com os convidados se perguntando, com humor, se o rosbife desaparecido também era uma ocorrência sobrenatural. Ao ouvi-los sair, Mickey rapidamente volta para a cama, Sandy entra no armário da Sra. Stewart e Annie fica presa em seu quarto. Enquanto a Sra. Stewart lê, ela vê o que pensa ser uma aparição (na verdade, apenas Annie tentando escapar furtivamente). A Sra. Stewart vai para o seu quarto, mas enquanto se prepara para dormir, vê uma figura fantasmagórica (Sandy em um lençol) escapar do armário pela porta. Depois de uma perseguição turbulenta, a Sra. Stewart confronta Annie, perguntando o que ela está fazendo em casa. Annie é expulsa, mas Mickey agora não quer que Annie vá. Enquanto ele tenta chamá-la da janela do segundo andar, Mickey cai da janela para o horror de todos. Depois de alguma dúvida, o médico declara que sobreviverá e conseguirá remover um aparelho ortodôntico até o Natal. É Natal, Mickey já está recuperado e a Sra. Stewart deu uma festa para todos os órfãos do orfanato, incluindo Annie. Suspeitando de algo estranho, Annie se aproxima do Papai Noel e descobre que é, na verdade, o Papai Warbucks. O filme termina feliz para todos.